1071 deki Malazgirt Zaferi ile Anadolunun kapıları
Türklere açılması ile, Türk Beyleri, Akıncıları,
Dervişleri Anadoluyu boydan boya fethe başladılar. Bu
feth hareketiyle Amisos şehri de karşılaştı
Danişmendliler Amisosu kuşattılarsa da alamadılar. Ancak
şehri abluka altına alabilmek amacıyla bir kale
yaptırdılar. Bu kale daha sonra yıkılmış olup, bugünkü
kale mahallesi, adını bu kaleden aldığı tahmin
olunmaktadır.
Samsun havalisinin kesin olarak Selçuklu hamiyetine
alınması II. Kılıç Arslan (1155-1192)ın saltanatının
son devirlerine rastlar. Ancak Amisosu alamayan
Selçuklular, bu şehrin yakınında Müslüman Samsunu
kurdular. Samsun bir Türk beldesi olduktan sonra
Hıristiyan Amisos önce Bizans XIV. asrın ilk yarısından
itibaren de Ceneviz Müstahkem Beldesi olarak, onun
yanında 230 yıldan fazla yaşayabilmiştir. Türkler bundan
sonra Amisosa Kafir Samsun, Gavur Samsun veya Kara
Samsun adını vermişlerdir. Kara Samsun adı, Amisos
harap olduktan sonra da zamanımıza kadar varlığını
sürdürmüştür. Müslüman Samsun yanında, Amisosun bu
kadar uzun bir müddet bağımsız yaşayabilmesi müşterek
menfaat temeline dayanan bir düşünce ile açıklanabilir.
Kalyon Burnu gerisindeki sırt üzerinde bulunan Amisosa
karşılık, Selçukluların kurduğu Samsun ise burnun önünde
deniz kıyısından itibaren yamaçlara doğru kurulmuştu.
Her iki şehrin de surları vardı ve iki şehir arasında
ancak bir sayan atımı yahut bir yarım ok menzili
mesafe var idi.
Amisos şehri XIV. asrın başlarında, öteden beri şehirde
kuvvetli bir tüccar zümresi bulunduran Cenovalıların
eline geçti. Cenovalılar Amisosu bir asırdan fazla
ellerinde tuttular. Samsun ise Selçuklulardan sonra
İlhanlı Devletinin veya ona tabi beyliklerin elinde
kaldı. Selçukluların zayıflamasından itibaren Samsun ve
çevresinde bir takım küçük beylikler doğdu. Bu beylikler
bazen Candaroğullarına, bazen Kadı Burhaneddine, bazen
Osmanlılara dayanarak varlıklarını muhafaza
edebilmişlerdir.
Bu beylere tarihte Canik Beyleri adı da verilir. Bu
beylikler şunlardı; Canik, Ladik ve çevresinde
Kubadoğulları, Ordu-Giresun mıntıkasında Emiroğulları,
Niksar-Terme, Çarşamba havalisinde Tacüddinoğulları,
Vezirköprü-Havza sahasında Taşanoğulları, Bafra
havalisinde Bafra (Bavra) Beyliği. Bu beylikler daha
sonra Osmanlı hakimiyeti altına alınmıştır.
Samsun (Müslüman) Kubadoğullarından Osmanlı hakimiyetine
1398de I. Beyazıd zamanında geçti. I.Beyazıd
Cenevizlilerle barış halinde olduğundan Amisosa
dokunmadı. Osmanlı Devletinin birliğini bazen Ankara
savaşından sonra (1402) Samsun elden ele geçti. Önce
Kubadoğullarının eline geçen Samsun, 1419da
İsfendiyaroğulları topraklarına katıldı. Osmanlılar
tekrar birliklerini kurmaya başladıkları I. Mehmed (Çelebi)
zamanında savaşsız olarak Samsunu zapt ettiler (1419).
Kafir Samsun denilen Amisos ise I. Murad zamanında
(1425)de Osmanlı hakimiyetine alındı. Bu esnada Amisosa
hakim olan Cenevizliler şehri yakıp gemilere binerek
burayı terk ettiler. Bu suretle Gavur Samsun denilen
Amisos da kesin olarak tarih sahnesinden silinmiş oldu.
Geriye sadece taş yığını ve enkaz kaldı. Şehrin
yangınını surların dışından seyreden Türkler, kara kara
dumanları tüten bu şehir kalıntısının yerine Kara
Samsun adını verdiler ki bu ad hala günümüzde de
kullanılmaktadır. Bundan sonra Samsunun ağırlık merkezi
tamamıyla kıyıdaki Müslüman şehre geçti. Samsun Canik
Sancağı adı altında Sivas (Rum) eyaletine tabi bir
sancak olarak Osmanlı İdari Teşkilatına dahil edildi.
Şehrin çevresindeki diğer mahalli küçük beyliklerde
Osmanlılar tarafından zapt edildi.
Samsun Osmanlı hakimiyetine geçtikten sonra uzun yıllar
önemsiz bir iskele olarak kaldı. Sinop hatta Ünye,
Samsundan daha ileri durumda idiler. Şehir Yavuz Sultan
Selim döneminde Trabzon ve Karahisarla (bugünkü
Şebinkarahisar) birlikte yeni oluşturulan Erzincan
Eyaletine bağlanır (1514). III: Mehmed (1595-1603)
devrinde Rus Kazaklarının saldırısına uğrayan Samsunun
surları sonradan tamir edilerek, buraya muhafızlar tayin
edilir.
1774 yılında Canik Muhassıllığına Canikli Hacı Ali Bey
tayin edildi ve uzun yıllar bu bölgeye hakim oldu.
Gürcistan seferlerinde gösterdiği başarılardan dolayı
kendisi paşalığa yükseltildi. Ayrıca Canik Sancağı
uhdesinde kalmak üzere Sivas, Amasya ve
Şebinkarahisarın idaresi de kendisine verildi.
XVII. asrın ilk yarısından başlayarak Samsun ile
Karadenizin öteki limanları, özellikle Kırım arasında
yapılan deniz ticareti şehrin önemini artırdı. Ancak
1774de Kırımın Osmanlı denetiminden çıkmasından sonra
bu ticaretin gerilemesi Samsunu olumsuz yönde etkiledi.
Sancağın yönetimi XIX. asrın başlarına (1807) kadar
Canikli Hacı Ali Paşa soyundan gelenler tarafından idare
edildi. Bu hanedanlığın Samsun üzerindeki
hakimiyetlerinin son bulmasıyla, III. Selimin son
zamanlarında Samsun Muhassallığına Canikli Hacı Ali
Paşanın Hazinedarı Hazined(r-Z(de Süleyman Ağa tayin
edildi. Bundan sonra da Samsun ve Çevresi XIX. asrın
ortalarına kadar uzun yıllar Hazined(r-Z(delerin
hakimiyetinde kalacaktır. Bu hakimiyetin
nihayetlenmesinden sonra da Samsun merkezden atanan
mutasarrıflar tarafından idare edilecektir. XIX. asrın
sonlarında da Trabzon Vilayetine bağlı bir mutasarrıflık
olarak yönetilecektir. Samsunun Osmanlı hakimiyetine
geçtikten sonra uzun yıllar gelişememesinde en önemli
etkenler idari bozukluklar, (y(nların yönetimi, çeşitli
bölgelerin zengin ailelerin elinde kalması gibi
sebepleri sayabiliriz. Eğer gemicilikle ilgili zift,
halat ve kendir gibi eşyası ile düşman cephelerinde
savaşan kuvvetlere zaman zaman un ve peksimet gibi
yardımlar olmasaydı Samsun şehri büsbütün unutulmuş
olacaktı.
XIX. yüzyılın ortalarından itibaren Samsun, Karadenizin
buharlı gemilere açılması, tütün ekiminin yaygınlaşması
sonrasında gelişmeye başladı. Şehrin Türk nüfusu arttığı
gibi Trabzon ve Ege kıyılarından, İç Anadoludan Türkçe
konuşan Rumlar ve Ermeniler ile Avrupalı Tüccarlar
Samsuna yerleşmeye başladılar. Daha sonra bu gayr-i
müslim ve gayr-i milli unsurlar şehirde ticareti,
sanayiyi, ekonomiyi ve eğitimi ele geçirdiler. Rumlar,
Fransızlar, Belçikalılar, Amerikalılar ve Ruslar şehirde
tütün alım ve işleme tesisleri, ticaret firmaları,
bankalar, sigorta şirketleri açtılar. Tütüncülük ve
diğer tarım faaliyetleri sonunda ticari ve iktisadi
hayat hızlandı ve nüfusta o oranda arttı.
1869 yılında Samsunda büyük bir yangının çıkmasıyla,
hemen hemen şehrin tamamı yanarak kül haline gelir.
Ancak ticari faaliyet açısından gelişmiş bir şehir
olması dolayısıyla bu felaketin yaraları çabucak sarılır.
I. Dünya Savaşı esnasında ticari faaliyetleri özellikle
de deniz ticareti felce uğradığı için ekonomik açıdan
büyük sıkıntılar içerisine girer. Aynı zamanda savaş
esnasında Rus savaş gemileri tarafından da dört kez topa
tutulan Samsun şehri önemli ölçüde hasara uğrar (1915).
Osmanlı Devletinin I. Dünya Savaşında yenilip
topraklarının müttefikler tarafından işgali sonrasında,
devletin içerisinde bulunduğu durumdan kurtarılması için
büyük önder M. Kemal Atatürk tarafından başlatılan
İstiklal mücadelelerinin meşalesinde 19 Mayıs 1919da 9.
Ordu Müfettişliği görevi ile Samsundan ateşlenmişti.